dimanche, avril 01, 2007

Google Genomics

Google a prudemment attendu la veille de la réouverture des marchés pour annoncer deux nouvelles qui bouleversent les marchés : le rapprochement avec Affymetrix (NASDAQ:AFFX, plus de 2 milliards de dollars de capitalisation boursière) le spécialiste mondial des équipements médicaux de pointe et le contrat de numérisation, confié par le NIH (National Institutes of Health), des bases de données génomiques du National Center for Biotechnology Information, dans le cadre de son nouveau programme Google Genomics.

Affymetrix, basé à Santa Clara, a établi son succès sur la mise au point et la commercialisation des « DNA chips », de véritables ordinateurs spécialisés dans l'analyse, la gestion et le stockage des informations génétiques. Affymetrix, récemment sorti victorieux d'un procès engagé contre son concurrent Illumina sur ses logiciels d'analyse de variations génétiques, venait de nommer Robert Wayman, un ancien CFO de Hewlett-Packard, au poste de CFO de la société. Dans le communiqué de presse, plutôt lapidaire, Danio Rerio et Sus Scrofa, Executive Vice Presidents du tout nouveau programme Google Genomics, jettent néanmoins quelques lumières sur ce rapprochement des deux leaders industriels. L'acquisition des technologies de capture et d'analyse des données génétiques d'Affymetrix y est présentée comme essentielle à la stratégie « génomique » du moteur de recherches.

Le grand programme de numérisation des bases de données génomiques et protéomiques, second volet de l'annonce de Google Genomics, est évidemment à mettre dans le prolongement de cette opération de marché. D'après Rerio et Scrofa, l'accord signé avec le NCBI est le premier d'une série de partenariats qui seront mis en place entre Google et les grands laboratoires de recherche publics et privés aux USA (National Human Genome Research Institute, TIGR, etc.), puis dans le reste du monde (NIG, NIAR au Japon, Wellcome Trust Sanger Institute et Institute of Stem Cell Research au Royaume-uni, NFGN en Allemagne...). Ce qui ne va évidemment pas sans provoquer de vives réactions. Le cri d'alarme poussé par le Centre d'étude du polymorphisme humain à paraître à la tribune d'un grand quotidien du soir, « Quand Google défie l'Europe », appelle au sursaut patriotique pour la protection du patrimoine génétique national. Le Génopole d'Evry menace déjà d'une grève massive et les rumeurs les plus folles, faisant état d'un collectif de chercheurs barricadés dans un laboratoire haute sécurité de type P4 menaçant de libérer sur Internet des filovirus et FVH (Nipah, Lassa), circulent sur les blogs.

Si Google s'en tenait, en effet, à l'application de ses algorithmes de recherche et d'indexation aux données génétiques numérisées par ses soins, ce qui constitue le premier service annoncé aujourd'hui, Google Genomics Search, le monde de la recherche bénéficierait certainement des capacités d'hébergement et de calcul du géant de Mountain View. Mais la concomitance de l'annonce du programme Google Genomics et de l'examen par les députés américains (House of Representatives) de la résolution H.R.493, le Genetic Information Nondiscrimination Act of 2007 pour interdire toute discrimination sur la base d'information génétiques dans les contrat d'assurance et à l'embauche, ne semble pas fortuite aux observateurs. En effet, le second service, sobrement nommé « Google Me », fait écho au choix, en 2006, par Time Magazine de « You » (« Vous ! ») comme personnalité de l'année. Google Me propose gratuitement à tout possesseur d'un compte GMail, de collecter toute son information génétique grâce à une clé biométrique USB Affymetrix capable d'analyser le DNA d'une gouttelette de sang récupérée à l'application de l'index sur la clé et de la stocker sur ses serveurs de façon sécurisée.

Selon le Dr Zea Mays, la directrice de Google Me, la clé USB, qui sera distribuée gratuitement avec tout nouvel ordinateur, fonctionne sous Windows, Mac OS, et Linux. Des déclinaisons pour Windows CE, les mobiles et les lecteurs MP3 sont en cours de développement et devraient commencer à être distribuées cet été. Simultanément à l'analyse et la télétransmission de l'information à Google, la clé libère également un nano-organisme, un coccolithe muté, dans le système sanguin de l'utilisateur. Le nanorobot permet ainsi d'authentifier de façon totalement sécurisée l'utilisateur de Google Me lors de sa consultation et de l'usage des services. L'utilisateur Google Me pourra ainsi gérer ses informations génétiques en toute confidentialité. Le portail Google Me, comme GMail, est rémunéré par les bandeaux publicitaires qui apparaissent, proposant médicaments, traitements et services de santé relatifs aux risques de l'utilisateurs tels qu'ils ressortent de son analyse de DNA.

Google Me Relatives, quant à lui est un service de recherche de personnes rattachées à vous par les liens du sang. Le bouton « Relatives » sur la barre d'outils Google Me permet de comparer son information génétique à celles des utilisateurs du service et propose de vous mettre en relation par courriel avec tous les individus qui vous sont apparentés dans le monde. Google Me Toolbar automatise alors la création d'un espace d'échange et de collaboration Web 2.0, avec wiki, blog, courrier électronique et gestion de documents partagés pour cette « communauté » de porteurs de gènes. Le service est pour l'instant gratuit, a annoncé le Dr Mays, bénéficiant de subsides importants du Department of Homeland Security. « À travers ce nouveau programme, Google cherche à favoriser les réunions de familles dispersées et contribuer aux joies des retrouvailles d'individus éloignés que leur histoire personnelle ou la grande histoire avaient séparés, abolissant les barrières de l'espace et du temps », ont commenté Rerio et Scrofa.

Enfin, au quatrième trimestre 2007, Google Me devrait offrir le nouveau service « Clone » aux utilisateurs. Ce service innovant propose pour un abonnement nominal en cas de disparition de l'utilisateur d'en recréer un clone à partir des cellules souches et de l'information génétique collectée par Google. Les nombreuses opérations immobilières réalisées par Google en 2006 n'avaient pas pour but l'édification de datacenters comme le pensaient initialement les observateurs de l'industrie. Sur le blog de Manihot Esculenta ont été publiées quelques photos arrachées au secret imposé par Google sur la nature des travaux pharaoniques que le moteur de recherches à engagé (Lenoir, Caroline du nord, Les Dalles, Oregon pour les plus récents) : il s'agit bien de laboratoires de classe P4 de sécurité maximale auxquels sont livrés aujourd'hui plasmides, ADN recombinants, anticorps monoclonaux, et instruments de PCR. D'après Esculenta, Google aurait également fait un pont d'or à Adam Margolin de Columbia University, et à Alexander Hartemink et Jing Yu de Duke University célèbres pour leurs travaux sur les algorithmes d'analyse des réseaux de régulation des gènes.

Bill Gates a immédiatement réagi de Harvard, où il recevait son diplôme plus de trente quatre ans après avoir quitté l'école pour fonder Microsoft, en annonçant un nouveau programme « Information from your fingertips » (vous connaître du et jusqu'au bout des doigts), dans lequel les souris à roulette Microsoft seront désormais équipées d'analyseurs Applied Biosystems, un concurrent direct d'Affymetrix, permettant la collecte et la transmission des données génétiques de l'utilisateur sur le nouveau portail MSN You Live de l'éditeur de Redmond. Sur MSDN seront disponibles dès ce soir les premières DLL pour le développement d'applications sous « Gene Vista », nom de code « Elvis is On Live », la nouvelle bibliothèque dédiées aux applications bioinformatiques de l'éditeur de Redmond.

La concurrence des moteurs de recherche prend aujourd'hui un tour bien personnel...

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